Для Ubuntu на корень либо XFS, либо Ext4, либо JFS в зависимости от квалификации пользователя.
Из моего опыта следует, что самая быстрая Ext4 (требует настройки параметрами
-i,
-m и
-J как минимум), чуть медленнее в некоторых случаях, но совершенно беспроблемная JFS, и наконец самая неторопливая, но при этом чрезвычайно гибкая в настройках XFS. Выбирайте что для вас важнее

Файлосклад однозначно и только на XFS, потому что только она имеет вагоны плюсов, и почти не имеет минусов в этом конкретном случае.
Некросистемы вроде Ext3 или RaiserFS можно рекомендовать лишь врагу.
Новинку BtrFS - можно предложить любителям очень остреньких ощущений.