Как это не смешно, но пару дней назад тоже иконку в трее потерял.
А всё оказалось очень просто - у сына произошёл какой-то сбой и система гном грузанулся в безопасном режиме. И прекрасно работал. На вид - никаких различий. Но апплет не загружался автоматом. Перевел гнома в нормальный режим и всё вернулось.