Либо я просто ничего не понял, либо Вы не термины не правильно употребляете.
1. Что нужно загрузить (или установить ? - это разные действия) с флэшки? Ubuntu?
2. По-идее, Ubuntu, и многие другие варианты Linux, грузятся не с iso-образов, а с загрузочных образов. Можно сразу с загрузкой - сначала устанавливаете систему на компьютер, а потом её смотрите., а можно в Live-режиме - сначала смотрите и работаете (но без сохранения изменений), а потом уже устанавливаете на компьютер.
3. Если рассматриваем пункт 2, то впервые слышу, что нужно что-то дефрагментировать. А вот предварительно форматнуть флэшку - полезно. Впрочем, при разворачивании на флэшку iso-образа и превращения его в загрузочный, насколькопомню, всё предыдущее и так сотрётся.
Скаченный с интернета iso-образ - архив, его нужно с помощью специальных программ установить на флэшку. где он превратиться в загрузочную систему.
4. Может Вы имеете ввиду, что хотите установить Ubuntu на отдельную флэшку или внешний жёсткий диск и работать как в полноценной системе, установленной на внутренний HDD?
5. При установке Ubuntu нужно предварительно (и обязательно !) дефрагментировать данные на NTFS-разделах, которые будут видны под Ubuntu. Дефрагментировать из под Windows, так как Ubuntu этого не умеет (используется другая файловая система, по-умолчанию, не нуждающаяся в дефрагментации).
Пожалуйста, поясните подробно, что собираетесь сделать.
P.S. Сначала написал всё как вчерашнему пользователю Windows, а только потом посмотрел в "профиль" автора. Простите, если обратился как к начинающему. Но, тогда, тем более, удивительна некорректоность формулировки вопроса. Пояснените.