Если имеются ввиду настройки сети, то DNS прописаны именно вручную. Все бесполезно - после запуска проги интернет перестает работать.
В чем конфликт то? Чем проге не нравится локальный DNS? Если программа пытается установить DNSMASQ, то почему не проверяет на уже установленный? И главное - что с этим делать то?
Она не пытается его установить. Он устанавливается как зависимость при установке пакета вместе с Hostapd, библиотеками Qt и т.д.
Конфликт в том, что NM использует Dnsmasq для локального кеширования. А нам он нужен, чтобы раздавать адреса клиентам.
Поэтому она отключает эту функцию в NM. Можете попробовать вручную:
в файле
/etc/NetworkManager/NetworkManager.conf заменить строчку "dns=dnsmasq" на "#dns=dnsmasq" и перезагрузить систему.
Во всех случаях и по всем принципам вызвать не работу сети это не может.