А xneur сам по себе стартует нормально? У вас xneur и gxneur из одного репозитория?
Да, из одного: andrew-crew-kuznetsov/xneur-stable
Xneur стартует нормально, появляется всплывающее уведомление, переключение работает.
Кстати, если дать команду killall xneur, также всплывает уведомление об остановке, не знаю, существенно ли это.
Думаю, что странности возникли несколько дней назад - как раз жене на ноут ставил gXneur и вдруг заметил, что флажок секунд через десять после запуска программы исчезает из панели. Толком на это не сконцентрировался, к сожалению, спешил. Сейчас обновился мой десктоп - и то же самое.