В последних версиях Ubuntu xneur не запускается автоматически.
Как установил
Crew, эта ошибка связана со своеобразной работой системы с раскладками клавиатуры.
У меня определены две раскладки

Если в системе выбрана текущей первая (в нашем случае английская) раскладка, то о том, что существует вторая раскладка информация не передается:
$ setxkbmap -query
rules: evdev
model: pc105
layout: us
options: grp_led:scroll
Если сейчас запустить xneur, то он скажет, что в системе только одна ракладка и демон не запустится
Если текущей выбрана вторая (русская) раскладка, то система, как и предполагалось, возвращает две раскладки:
$ setxkbmap -query
rules: evdev
model: pc105
layout: ru,us
variant: ,
options: grp_led:scroll
и в этом случае демон нормально запускается и продолжает работать.
Я сделал вот такой скрипт для запуска xneur:
#!/bin/bash
# Из-за своеобразной работы с раскладками в Ubuntu 16.04 xneur
# не работает правильно (определяет 1 layout), если при запуске
# выбрана английская раскладка
# устанавливаем текущей русскую раскладку
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 1
/usr/bin/gxneur &
sleep 30
# возвращаем обратно английскую раскладку
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 0
Скрипт обозвал gxneur.sh, поместил в каталог ~/bin и его запускаю при старте системы.