На пользовательском уровне невозможно. Легко в исходниках поменять и заново собрать, но это левый, конечно, путь.
может добавить возможность в xneur/gxneur?
–Здр.Все! 15.02.2013 21-10 Луганск
–Я полагаю положение с различными стандартами транслита некритично, (это уже в платной версии уважаемый автор

может реализовать), спасибо и так, за то, что есть!
–Я вот о чём хочу сделать заметку. Я невнимательно читал справку и неправильно сначала делал дополнения программ исключений. Я их просто вводил в текстовое поле окна. Ясное дело иногда с ошибками.

А программа в свою очередь на такие исключения не реагировала.
–А про выбор программ крестиком вообще упустил из виду.Вот картинка для таких же возможно невнимательных как я.

–В окне параметров gXNeur нажимаем на кнопку «Добавить» рядом со списком «Не обрабатывать эти приложения», курсор изменится на крестик, наведите его в любое место открытого окна нужной программы и нажмите левую клавишу мыши. Нужная программа появится в списке игнорируемых приложений. Нажмите «Ок» и закройте окно настроек gXNeur.