Sherhan7,
Скорее всего у вас путаница произошла из-за того, что там могут быть разные папки для загруженных файлов и для находящихся в загрузке.
Transmission-gui может загружать в заданную папку, не обязательно в ту которая по-умолчанию, а может и переместить готовые файлы в другую папку.