Если просто проверка - не парьтесь. Даже наоборот - лишняя проверка непомешает. Время занимат разное,от 30 сек. до нескольких минут. Я просто жду окончания проверки. А вот если что-то неподключается/не монтируется/не работает, то да, надо разлираться.
Если разделы битые - дальше будет только хуже. Срочно в магазин за новым HDD.