VLC-то всё воспроизводит на ура! Ещё бы, ведь у него вроде как своя собственная база кодеков. Им же я слушаю и многоканальную музыку в формате DTS.
P.S. Концепция [образ_аудио_диска] + CUE мне не нравится (особенно учитывая, что кодировка в скачиваемых CUE файлах непредсказуема), поэтому, если мне доводится скачать ape+cue или waw+cue я тут же нарезаю на отдельные файлы (утилитой gCue2tracks).
P.P.S. Кстати по поводу кодеков, раньше был хороший репозиторий medibuntu, в котором были многие пакеты, которые разработчики Ubuntu по своим религиозным убеждениям не включали в официальные репозитории, но теперь он закрылся... Никто-ли не знает какую-нибудь ему замену?