Решил "ходом коня", я заметил что проблема зависания идёт из за окна ввода пароля для авторизации установки программы, поэтому пришла мысль чтобы центр приложений запускался уже с правами root, (вводить пароль нужно при запуске центра приложений, а не при установки программы). Для этого заходим под root по ссылки: /usr/share/applications/
находим ярлык центр приложений, открываем его свойства и в команде пишем: gksudo /usr/bin/software-center %u
сохраняем и всё.
Теперь запрос пароля будет проходить во время запуска центра приложений и никаких зависаний при установке программы.
P.S. Пробовал в Unity 2D, там такой проблемы нет, возможно что то связано с compiz.