Peter_I,
Одной из задач bumblebee является указание путей до графических библиотек.
Например, основной библиотекой является libGL.so - если поискать ее в системе с установленным драйвером nvidia - окажется, что их несколько. По идее должно быть две, но может и больше.
Если приложение использует libGL.so и другие библиотеки от (для) nvidia - то данное приложение будет работать на карте nvidia.
А если использует libGL.so и другие библиотеки от (для) intel - то естественно будет работать на карте intel.
Так что видимо в $LIB прописаны пути для графических библиотек от intel.
Я посмотрел исходники prime - и был слегка удивлен - там всего несколько скриптов написанных на Python и Bash.
С другой стороны - этого и следовало ожидать - prime в основном только и делает, что указывает пути для библиотек.
jack_solovey,
prime желательно устанавливать на голую систему, где еще ничего не установлено (особенно нельзя в этом случае устанавливать bumblebee).
И советую подождать выхода prime 0.5, т.е. до выхода ubuntu 14.04 (может и в 12.04.4 появится) - там еще реализовано отключение питания видеокарты nvidia (используется bbswitch-dkms, также как и в bumblebee)