Попробуйте удалить PPA, как описано в приведенной вами ссылке и сделать как написано в нашей вики, у меня настроено так и данной проблемы уже давно не видел.
Наконец дошли руки попробовать этот способ.
Иконка гимпа стала исчезать уже при первом запуске приложения, а не через несколько. Поставил все как было, и все равно исчезает при первом запуске. Бред какой-то.
Пользователь решил продолжить мысль 08 Июня 2012, 20:01:52:
Плюнув на юнити, решил работать в гном классик (там свои неудобства в 12.04), в очередной раз зайдя в систему, обнаружил, что юнити и гном совместились (не знаю, как лучше сказать), принтскрин -
http://s1.ipicture.ru/uploads/20120608/KRBUdjDn.png