У любой программы есть заказчик. Даже если этот заказчик ты сам.
Да, это не так.
Гугл по -fprofile-use вообще ничего не находит. Это должно было тебя насторожить
-pg собирает информацию о выполнении программы и её узких местах чтобы разработчик программы знал что именно надо оптимизировать.
Как это уже другой вопрос.
Автоматом тут никак. Нужен мозг живого человека (я не призываю приносить жертвы, но к шаманам обратиться придётся)
Если с шаманами не лады попробуй
http://gcc.gnu.org/wiki/Graphite им firefox оптимизируют. Не зная деталей ничего лучше предложить не могу.
Точно могу сказать лишь одно: тебе придётся выбирать чем и за что платить. Или деньги на кластер где прога уложится в заданное время без оптимизации или разработчику который сделает так чтобы кластер не понадобился или своим временем пока ты будешь ждать окончания расчётов на обычной персоналке.