Это у тебя ffmpeg ругается на экспериментальный кодек. Можно сделать 2 вещи:
1. Попытайся обновиться, ffmpeg, вроде, дня два как вышла новая версия. Возможно это решит проблему. Хотя, обновления, скорее всего, будут доступны только с понедельника.
2. TraGtor, прежде чем конвертировать дает посмотреть команду терминала. Попробуй забить ее в терминал добавив параметр -strict experimental. Если не получится, запость команду сюда.
Кстати, сейчас посмотрел, avidemux тоже в мп4 конвертирует. Попробуй его, есть в репах, там настроек поменьше. Когда-то еще пользовался Mobil Media Converter, там были готовые профили для самых популярных форматов.