Если Вы хотите установить Ubuntu вместе с Windows или как одну ОС, то запускайте компьютер с диска. wubi не делает почти ничего для установки, за исключением установки Ubuntu на раздел Windows и перезагрузки компьютера, а также он содержит ссылки на документацию. Использовать установку системы на раздел Widnows я не рекомендую, лучше уж тогда параллельно с Windows.