При "чистой винде" делаешь бекап mbr загрузочной части диска, например
sudo dd if=/dev/sda of=/home/mbrboot_nout.dd bs=446 count=1
Файл mbrboot_nout.dd сохраняешь, к примеру, на флешку.
Тогда восстановить mbr загрузочной (предварительно проверить, что флешка смонтирована /media/flash):
sudo dd if=/media/flash/mbrboot_nout.dd of=/dev/sda bs=446 count=1
Получаешь тот же mbr, что и был "изначально".
Операции делаются при загрузке с ливсд.