alexander.pronin,
похоже, мы о разном функционале говорим.
Хранение хранению рознь.
Моё виденье заметки - это листочек Post-it, пришпиленный поверх интерфейса (отключаемо). Для незасорения экрана оптимально его прикрепить к верхней строке, (где у винды находится заголовок развернутого окна) и свернуть до первой строки. Так я не загораживаю интерфейс, но когда мне нужна находящаяся в заметке инфа - я, наведя мышку, вижу ее без клика. Внутренние телефоны, заголовки справочников, требуемые шаблоны - всё там.
Это - главное.
Хранить их - мне в прямом виде без иерархии удобнее. Экспортировать - по желанию и необходимости. Из позитивных плюшек - возможность привязки к заметкам напоминальника, возможность вставки открываемых гиперссылок, вывод календаря с подсвеченными напоминалками.
Вероятно, все разработчики заметок освоили обработку деревьев - и пихают их во все приложения.