Хмм... ну тогда версия ядра.
С san-alex различие уже видно. У меня 3.5.0-19
В-общем, чисто теоретически ничего сложного нет. Надо заставить fdisk видеть сектора другого размера. Всего-то, ага. Как это применить на практике, пока задумываться не хочу. Ибо хочу спать. Если чего накопаете, буду рад воспользоваться.