Почему это? Все там хранятся. Вот у меня там есть и репы вайна, и qutim, и virtualbox. И откатывать sources.list из бэкапа не раз приходилось, все нормально восстанавливалось. Да и почему бы нет? Это же простой текстовый конфиг, что там может не сработать?