Файл cue - это обычный текстовый файл, поэтому редакторы тегов можно отбрасывать сразу (за исключением embedded cue, который можно встроить во flac, но это несколько другое). Помимо кодировки, с текстовыми файлами может возникнуть беда с концом строки - в Linux и Windows они отличаются. Notepad++ в винде позволяет всё это корректировать. В Ubuntu использую Double Commander, и каждый cue-файл обрабатываю ручками. Хотя Deadbeef должен понимать виндовые cue сразу и без бубна.