paulus,
Разработчики FFmpeg рекомендуют устанавливать из Git - и обновляться оттуда же. Вот в этой статье есть инструкции и для установки и для обновления:
http://ffmpeg.org/trac/ffmpeg/wiki/UbuntuCompilationGuide И в викистатье о ffmpeg тоже
https://help.ubuntu.ru/wiki/ffmpeg есть ссылка на этот мануал. В мануале есть пункт: Updating FFmpeg - просто сносятся и вычищаются все пакеты и зависимости старой версии, а затем вы производите новую установку свежей версии.
О выходе свежей версии можно узнать здесь:
http://ffmpeg.org/download.html - за таблицей, в разделе FFmpeg Releases - FFmpeg 1.1.2 "Fire Flower".
Качать её от туда не обязательно. Но - если она вышла, значит она есть в Git
Git - это в общем то и есть, некое подобие PPA или Репозитория для FFmpeg, но он расчитывает на некоторые ваши движения ручками...
Если действовать внимательно и по пунктам, то установка ведётся почти автоматически, за исключенем моментов, где нужно ввести password
Актуально для X/Ubuntu 12.04, проверялось