РЕШЕНИЕ ПРОБЛЕМЫ:
Попробовал поискать на Ланчпаде этот баг, ничего похожего не нашел.
Попытался сделать инвестигейт по поводу этого бага, в частности подчистил настройки у пользователя и упс, все стало работать нормально. Начал настраивать систему как обычно под себя, после изменения вручную файла ~/.config/user-dirs.dirs проблема появилась опять(проверил еще несколько раз проблема возникает именно сразу же после изменения этого файла).
ЕСЛИ У ВАС ТАКАЯ ЖЕ ПРОБЛЕМА, то просто удалите и не изменяйте вручную файл ~/.config/user-dirs.dirs.
Всем спасибо!