Для Ununtu 12.10 в частности.
При объёмном копировании файлов через ftp протокол через 40 секунд выскакивает сообщение об ошибке, в котом в подробностях можно увидеть одну строку: Время ожидания истекло
Проблема заключается в недоработанной gvfs, с которой приходится работать Nautilus в данном случае.
Можно каждый раз выберать пункт "пропустить всё", при этом файловая передача не прекращается, но можно добавить репозиторий и обновить gvfs:
sudo add-apt-repository ppa:langdalepl/gvfs-mtp
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade -y
Далее потребуется перезапустить сессию или систему, чтобы изменения вступили в силу.