это документированный глюк.
В ccsm (compizconfig-settings-manager) на страничке Ubuntu Unity Plugin -> вкладка switcher -> пункт "Key to flip through windows in the switcher" задайте новое значение, а потом сбросьте (или просто на кракозябру замените). Это он и есть, просто он по дефолту не показывает, что на alt~ привязан