— Бесплатный вариант конвертирования html в pdf с отображением гиперссылок только онлайнсервисы, если я правильно понял задачу

— К тому великий GOOGLE например перестал любить ссылки в pdf документах, вот я писал об этом…
— Делаю так часто: формирую страницу (удаляю лишнее) с помощью ScrapBook (дополнение Firefox), потом сохраняю и загружаю на какой-то бесплатный хостинг, получаю ссылку, ссылку в онлайн-конвертер, оттуда получаю pdf.
— Иногда удаётся подправить страницу в KompoZer'e…
— Ну это всё суррогатные варианты, для „внутреннего употребления“ больше, а так „человеческий

“pdf со ссылками нужно готовить в какой-то программе

, часто в LO Draw, ну самый простой вариант.