Скайп шифрует данные (не знаю, правда, от кого, если алгоритм шифрования давно уже сдали всем спецслужбам). А это большая нагрузка на процессор, поэтому и температура поднимается. Для примера, у меня на 4-ех ядерном 2,4Ггц нагрузка доходит до 40% на всех ядрах.
Поэтому, ничего не поделаешь. Это фича, а не дефект.