Кровавый, просто невнимательно прочитал Ваше сообщение. Вы правы, что если библиотеки есть, то можно писать платформонезависимый код, конечно, если не привязываться к зависимому API. Но вообще, чтоб писать аккуратно под Linux надо знать его идеологию. Тут не принято таскать библиотеки и класть их в папку с программой, хотя можно и иногда этого требует лицензия (для закрытого ПО слинкованного с LGPL). Если Canonical придёт к такому же подходу, как в Windows, то это будет началом конца для Ubuntu. Реестр тут тоже не принят, невзирая на все усилия Gnome. Есть и другие тонкости, которые хороший разработчик должен знать, специфичные для Linux, но полезные и в мире Windows.