Я заметил, что в Gnome-shell проблема с раскладкой возникает, если повозиться с настройками расширений для шелла. В этом случае помогает перезапуск оболочки. Если расширения не трогать - всё ок.
Алекс_К,
отключал по вашему любимому методу ibus и всё бы хорошо, но почему-то в этом случае раскладкой по-умолчанию упорно выставляется ru. Не знаете где можно жестко default layout выставить?