В принципе, ничего критичного в этих каталогах* не осталось - там находятся просто колоды карт, используемых программой и их раскладка, НО(!) удалять бы их я не стал. В Windowsх я часто руками подчищаю обрывки каталогов (с оставшимися там ini-шниками, всяким обслуживающим хламом) и осуществляю это, ничего не опасаясь, но в Линуксе, с его контролем состояния пакетов, я бы этого не делал. Здесь я веду речь именно о системных областях.
Исключение составляют пользовательские данные в ~/, если таковые остались после деинсталляции ПО. Их можно удалять, но трижды подумав - не обслуживают ли они еще какую-нибудь программу.
* UPD: Я имею в виду конечные каталоги, непосредственно связанные с самими программами, а отнюдь не /usr/share/doc и т.п.