san-alex,
то, что тебе требуется, обусловлено настройками менеджера окон - при получении фокуса (а фокус firefox получает, когда ему передаётся ссылка из thunderbird) окно подымается на передний план (raise)
я вижу два варианта решения проблемы:
вариант 1 - в dconf-editor найти строку, в которой прописано raise = auto
точный путь не подскажу, но находил я эту строку всегда поиском по слову focus (всегда настраивал так, чтобы фокус передавался при наведении курсора, но при этом окно не подымалось на передний план)
там эит строки рядом
это отключит auto raise для всех окон
вариант 2 - в ccsm открыть правила поведения окон и задать правило для конкретного приложения (firefox) не всплывать при получении фокуса
как-то так
проверить у себя не могу, сам понимаешь, так что придётся тебе самому экспериментировать