Зависит от числа файлов. Мой опыт говорит, что на одну запись мне лично не понадобится больше 2-3 файлов. А тогда однозначно миниатюры удобнее. И всегда можно при большом числе этих файлов делать выпадающий список, а при небольшом - миниатюры.
Автора да, можно сделать, хотя в норме все-таки у одного человека - один лабжурнал, а в чужие не пишут. Так что автора логичнее сделать не в этом окне, а в окне создания эксперимента или что-то в этом духе.
Раз уж про это заговорили, было бы круто устроить синхронизацию по интернету, доступ к файлам других пользователей и разграничение прав. Но это, конечно, не требуется в первой устойчиво работающей версии, как, впрочем, и во второй =)
Да, по-хорошему БД должна быть довольно непростой. Но что вы описали - это уже явно не для первой версии программы, которой уже все равно будет удобно пользоваться =)
Я бы и делал сам, но у меня мало времени, а получится в итоге костыльно, так что и выложить будет стыдно, я себя знаю... Так пусть лучше ТС с бОльшим опытом сделает гораздо более качественную программу, если ему хочется.
Однако разумная критика, конечно, приветствуется, я, как и, полагаю, ТС, будем рады, если получится более хорошая программа, чем пре-альфа версия интерфейса.
Кроме того, вы можете сами предложить свою версию интерфейса, если он окажется лучше, то я только "За".