Какие разные версии? Мате - это ДЕ, соответ. собирается под определенную версию дистрибутива (в который входят определенные версии пакетов) и функционал возможен только на основе возможности его реализовать в определенной версии. Конфликты маловероятны, и даже можно сказать невероятны просто из-за того что используется gsettings для всего (офк это не относится к KDE и QT-based DE\WM\ПО). Разработчики MATE не могут избавиться от зависимости от Gnome. Но с учетом того, что в Gnome3 постепенно начал использоваться другой фронтенд, соответ. начала меняться сама структура\принцип организации (и возможно, реализации) этих настроек (при этом старый все еще продолжает использоваться, но с каждой новой версией его функционал урезается, а точнее перекочевует). Вот поэтому разработчикам и приходиться подстраиваться. А это уже их проблемы, что возникают конфликты, ровность рук мешает (с ровными руками очень сложно что-то делать, не говоря уже о том, чтоб это делать если не хорошо, то хоть нормально). + городить свои велосипеды (явный пример с Cinnamon и их cinnamon-translate и до некоторого времени cinnamon-core). Все GTK-ориентированые DE\ПО использует gnome-settings (от XFCE до Cinnamon и Mate).