Если честно не совсем уверен, что правильно диагностировал проблему.
Основная суть: иногда при запуске, иногда - уже во время работы PyCharm замирает намертво всё рабочее пространство, при этом (спустя какое-то время) начинает двигаться мышка (но только двигаться). Переключиться на другие терминалы посредством ctrl+alt+F2..F6 не удалось, приходится перезагружать машину вручную. Повторяется это приблизительно раз в полчаса-час, при выключенном чарме проблем не наблюдается.
После перезагрузки вылезает окно с crash-report'ом, в котором указано, что порушился Xorg.
Версия PyCharm - 3.1.1
$ java -version
java version "1.7.0_51"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_51-b13)
Java HotSpot(TM) Server VM (build 24.51-b03, mixed mode)
$ uname -a
Linux cassum-work 3.11.0-18-generic #32~precise1-Ubuntu SMP Thu Feb 20 17:54:21 UTC 2014 i686 i686 i386 GNU/Linux
$ Xorg -version
X.Org X Server 1.14.5
Release Date: 2013-12-12
X Protocol Version 11, Revision 0
Build Operating System: Linux 2.6.42-37-generic i686 Ubuntu
Current Operating System: Linux cassum-work 3.11.0-18-generic #32~precise1-Ubuntu SMP Thu Feb 20 17:54:21 UTC 2014 i686
Kernel command line: BOOT_IMAGE=/boot/vmlinuz-3.11.0-18-generic root=UUID=c3c7a516-e2f0-4740-86e1-c5332c20f20a ro quiet splash vt.handoff=7
Build Date: 06 January 2014 01:41:06PM
xorg-server 2:1.14.5-1ubuntu2~saucy1~precise2 (For technical support please see http://www.ubuntu.com/support)
Current version of pixman: 0.30.2
Before reporting problems, check http://wiki.x.org
to make sure that you have the latest version.