Не надо никаких 3-х программ. Все они делают часть работы (может и хорошо) но скрывают свои действия, т.е. не дают понять что собственно происходит. Типичный подход Windows.
Что нужно?
Разобраться что имеем.
2 ОС. 1 swap. 1 (или 2) "хомяка". Загрузчик.
Теперь по порядку.
1-е Ненужная ОС удаляется любым способом, я бы предпочел форматирование (переразметку) раздела.
2-е Своп нужен и 1-й и 2-й ОС. Оставляем.
3-е "хомяк". Если был на отдельном разделе (что есть правильно) просто оставляем. Если вместе с ОС - либо делаем бекап хомяка, либо не форматируем раздел и в любом случае имя пользователя оставляем тем же.
4-е Гроб. Может быть поврежден. (Не физически, просто указывать на снесенную ОС). Статей по восстановлению на форуме тьма. Самое простое - загрузка с лай-сд и sudo update grub
Собственно все.