Ну я писал как раз так, что если один запущен - но и запускать я ничего не запускаю...

загадочно у тебя все как-то..

Значит так, мочи их обоих, + стирай это хренов /tmp/yandex-disk-indicator.lock
И запускай индикатор с включенным дебагом (я там поменял название схемы - теперь схема gconf - apps.yandex-disk-indicator)
После чего сделай опять ps aux... а опосля попробуй закрыть индикатор - и опять ps aux... и ls /tmp/yandex-disk-ind*
А на последок еще раз пускани индикатор и ps aux следом ....
Может хоть что то удастся понять из листингов...