Bemol, вставайте в очередь, будете вторым. Тут уже проскакивало у кого-то в gnome-fallback такая трабла.
Решение только руками - идете в /opt/yd-tools/icons/dark (или light) и лежащие там файлы графическим редактором массштабируете под вашу панель. Сделайте после этого резервную копию а то при следующем обновлении все вернется к исходному - нужно будет восстановить ваши, масштабированные, иконки.
Unity, KDE, XFCE, LXDE - во всех этих оболочках на ubuntu все нормально масштабируется автоматом (иконки сделаны большими для того, что бы в любую панель она уменьшалась - так меньше искажения).
Кстати вот еще мысль, возможно это из за того, что иконки используются растровые, тогда как большинство иконок делается в векторе... Но я растр оставил т.к. растровые на свой вкус любой сделать может - векторные - чуточку сложнее.
Тут в теме был набор иконок (тех что идут в пакете) в векторе - но затрудняюсь сказать на какой странице... Нужно искать, а у меня сейчас интернет - слабый. Поищите сами, попробуйте с ними и отпишитесь, пожалуйста по результатам.