tronis,
Если процессор поддерживает 64Bit и оперативки >3.25 ГБ, то ставьте Amd64. Также ставьте, если вам не нужны 32-битные приложения, которые эмулятором библиотек не поддерживаются. Если оперативки <3.25 ГБ, процессор не поддерживает 64 бита или вам нужен 32-разрядный софт, которого под архитектуру amd64 нет и в эмуляторе библиотек не запускается, то i686 ставьте.