Ещё раз говорю - он сам создаст его. Удалите то что вы там сделали, у вас даже права на файл неправильные.
Права я сам выставил. Ок, удалил. Рестартанул ntp. Но ntp его не создаёт.
Да, права на каталог /var/lib/ntp:
drwxr-xr-x 2 ntp ntp 4096 авг. 4 09:43 ntp
И да, я не указал как работает сеть. Стоит роутер (DIR-300), на сервак выделен фиксированный айпи в свойствах dhcp. Интерфейс используется wlan1. На роутере разрешён UDP 123 порт до сервера.
С фаерволом не баловался:
$ sudo iptables-save
# Generated by iptables-save v1.4.21 on Mon Aug 4 09:56:54 2014
*filter
:INPUT ACCEPT [3345540:4457782900]
:FORWARD ACCEPT [0:0]
:OUTPUT ACCEPT [1453855:294877857]
COMMIT
# Completed on Mon Aug 4 09:56:54 2014
Тут верхняя строчка - видимо рестартовал ntp:
$ grep ntpd /var/log/syslog
Aug 4 09:44:50 Rover ntpd[22030]: ntpd exiting on signal 15
Aug 4 09:44:52 Rover ntpd[26851]: ntpd 4.2.6p5@1.2349-o Wed Oct 9 18:56:59 UTC 2013 (1)
Aug 4 09:44:52 Rover ntpd[26852]: proto: precision = 1.397 usec
Aug 4 09:44:52 Rover ntpd[26852]: ntp_io: estimated max descriptors: 1024, initial socket boundary: 16
Aug 4 09:44:52 Rover ntpd[26852]: Listen and drop on 0 v4wildcard 0.0.0.0 UDP 123
Aug 4 09:44:52 Rover ntpd[26852]: Listen and drop on 1 v6wildcard :: UDP 123
Aug 4 09:44:52 Rover ntpd[26852]: Listen normally on 2 lo 127.0.0.1 UDP 123
Aug 4 09:44:52 Rover ntpd[26852]: Listen normally on 3 wlan1 192.168.0.105 UDP 123
Aug 4 09:44:52 Rover ntpd[26852]: Listen normally on 4 lo ::1 UDP 123
Aug 4 09:44:52 Rover ntpd[26852]: Listen normally on 5 wlan1 fe80::226:18ff:fec4:b070 UDP 123
Aug 4 09:44:52 Rover ntpd[26852]: peers refreshed
Aug 4 09:44:52 Rover ntpd[26852]: Listening on routing socket on fd #22 for interface updates
На текущий момент отстаёт на 30 с лишним минут.
$ sudo ntpq -p
remote refid st t when poll reach delay offset jitter
==============================================================================
ns.aksinet.net 130.149.17.21 2 u 11 64 377 89.472 1991851 4134.74
ns.davydkovo.ne 89.109.251.23 2 u 15 64 377 34.095 1991819 4105.17
95.213.132.254 89.175.22.41 2 u 14 64 377 45.659 1991846 4082.93
ntp.ix.ru .PPS. 1 u 18 64 377 34.277 1991796 4076.37
juniperberry.ca 193.79.237.14 2 u 24 64 377 94.403 1991721 4050.74