vovanrus,
Ещё раз внимательно обратитесь к главе мануала:
Полезные фильтры -vf, -af - параграф 6. Yadif - yet another deinterlacing filter
Там недвусмысленно сказано:
yadif=1:0 где 1 - выход одного кадра для каждого поля (может удваивать фреймрейт в выходном видео, ибо в одном интерлейс кадре - два поля... 0 - для верхнего поля (верхнее поле - первое)...
Т.е. вы фильтром на входе удваиваете фреймрейт с 50 до 100, а затем выходной установкой ffmpeg -r 50 дропаете (выбрасываете) половину кадров со 100 кадров до 50

... И вас почему то после этого удивляют баги с фреймрейтом, с плавностью проигрывания и с буфером? - странно, право... Видимо дело всё же тут в кривых руках, а не в кривой программе

Ваши установки фильтра в FFmpeg - для вывода одного кадра для каждого входного кадра должны быть:
yadif=0:0 - (по умолчанию)
yadif=2:0 - с пропуском пространственной проверки чересстрочности
И, - кто вам мешает использовать более гибкий деинтерлейс-фильтр, типа < -vf kerndeint=thresh=12:map=0:order=0:sharp=0:twoway=0 >, где значения thresh можно варьировать в интервале от 0 до 10 или даже 15, отслеживая на выходе наиболее приемлемый вариант для данного видео...
В конце концов, если для данного видео плохо подойдут вышеозвученные фильтры, то можно даже попробовать простые фильтры для деинтерлейсинга из опций построцессинга, типа < -vf pp=lb >
Для этого смотрите ту же главу фильтров мануала, но параграф - 10. pp - enable the postprocessing subfilters
Пользователь решил продолжить мысль [time]15 Август 2014, 19:15:49[/time]:
может и некорректна, но libav ее кушает нормально.
Да но созданная ваша тема посвещена именно FFmpeg, а не Libav... По этому рассматривать командный и управляющий синтаксис надо в контексте FFmpeg, а не в контексте Libav... Это во первых логично, а во вторых соответственно (правильно)...