1. В фаерфоксе и других приложениях, где есть выпадающие списки с автоподстановкой, работа xneur нестабильно, тут ничего не поделаешь - проблема в архитектуре иксов.
2. При возврате из скринсейвера, стандартный gnome-screensaver оставляет после себя некое окно, полностью невидимое и развернутое на весь экран. Икснеур считает его обычным окном и перестает отправлять сообщения окнам под ним. Это ошибка в скринсейвере (в ранних версиях сринсейвера этого не было). Поэтому, или отключайте скринсейвер, или используйте не стандартный скринсейвер, например XScreensaver.