Как же я его тогда без ГУЯ настаривать буду? Через консоль? 
Один раз настроил, а потом запускаешь без gui
В папке польхователя есть папка ".xneur", она скрытая, в ней лежит файл xneurrc-вот в этом файле и хранятся все настройки сделанные через графический интерфейс.
Жмете вы кнопочку или ставите галочку в gui, а умная программа в соответствии с заложенным знаниями изменяет в файле xneurrc значения котороые могут принимать вид yes или no, но и возможны другие значения.
Так что обычный gedit и даже без sudo.
НО у меня вопрос другого характера, не могу настроить ни в гуи ни найти в файле что бы он автоматом переключал раскладку.
Вот если в gui по значку кликнуть и галочку поставить автопереключение, то оно конечно работает, а после перезагрузки куда-то ропадает.
Подскажите люди знающие где в файле это исправить.
А то я с помощю gogle-переводчика переводил и так и не нашел этот конфиг.