В общем, признаюсь, я балбес

Всё это время собирал пакеты для 8.04, совсем забыв, что у меня на ноуте 9.04

Может, от того и глюки были... Сейчас собрал для 9.04, посмотрим.
Накидал скриптик для сборки и установки, может, кому пригодится. Перед запуском распаковать сорсы в директории ./xneur/ и ./gxneur/, сам скрипт положить в ./
Перед сборкой скачать все нужные пакеты:
sudo apt-get install build-essential automake1.9 libtool flex libx11-dev libmatheval1-dev libgstreamer0.10-dev libopenal-dev libpcre3-dev libnotify-dev zlib1g-dev libaspell-dev libxosd-dev libmatheval1-dev flex libglade2-dev libgtk2.0-dev checkinstall
#! /bin/sh
# script to build & install XNeur and GXneur packages
# Run it with SUDO!
# Author Fr0sT
# place (g)xneur sources in folders: ./gxneur, ./xneur and run script
VER="0.9.9"
RELEASE="697"
FailReason=""
# configure & make & build package & install
# param1 package, xneur|gxneur
# param2 config options
build()
{
FailReason=""
# change dir
cd $1
if [ $? != 0 ]; then (FailReason="Failed to change directory"; return;) fi
# config
./configure $2
if [ $? != 0 ]; then (FailReason="Configure failed"; return;) fi
# make
make --silent
if [ $? != 0 ]; then (FailReason="Make failed"; return;) fi
# checkinstall
checkinstall --pakdir=".." --pkgname=$1 --pkgversion=$VER --pkgrelease=$RELEASE --default --backup=no
if [ $? != 0 ]; then (FailReason="Checkinstall failed"; return;) fi
}
# uninstall previous packages first
apt-get -y remove gxneur xneur
# build & install xneur
build "xneur" ""
if [ -n $FailReason ]; then (echo $FailReason; exit;) fi
cd ..
# build & install gxneur
build "gxneur" ""
if [ -n $FailReason ]; then (echo $FailReason; exit;) fi
cd ..
апд. Версия 2
1) инсталлит пакеты (gxneur не собирается без xneur)
2) пакеты кладутся рядом со скриптом
3) разобрался с версиями