Я решил действовать наверняка - сделал xneur'у make uninstall. Снес все, что нашлось на xneur по whereis'y
Удалил пакет libxnconfig8, убедился что в домашней папке ничего не осталось...
Но gxneur не прекратил выдавать все то же сообщение

И похоже я малость перестарался с зачисткой - при установке xneur'a он возвращает только конфиги

А да, от репозитория мне с амд64 пока толку мало, если не ошибаюсь.