rom19,
В простейшем случае сайт должен лежать в /var/www. Туда же смотрит httpd. Юзер имеет право записи в /var/www (например, входит в группу wwwdata, которая имеет право писать в /var/www). В домашний каталог к юзеру проложен симлинк. И счастливый юзер работает с сайтом в своём домашнем каталоге.
В случае виртуальных хостов примерно так же, но более красиво.