Все это произошло после того, как я установил, а затем снес ubuntu-gnome-desktop (показалось, что для десктопа он еще сыроват).
Произошло, собсно, следующее: пропали все иконки и файлы с рабочего стола (в папке Desktop они на месте, в ~/.config/user-dirs.dirs тоже все в порядке), не открывается контекстное меню при клике на рабочем столе, вместо обоев — черный фон (это я починил), глобальное меню открывается только на "главном" рабочем столе, при клике правой кнопкой по иконке наутилуса на панели Unity предлагается на выбор только три пункта: Open a new window, Files, Unlock from Launcher, однако, если запустить наутилус, то становятся доступными все "скрытые" пункты меню.
Вот, пожалуй, и все основные неудобства. Есть идеи как это можно было бы починить?