От удаленных программ могут остаться:
1. пользовательские конфиги - чистятся при включенном показе скрытых файлоа в в домашнем каталоге пользователя или в подкаталоге .config того же домашнего каталога пользователя.
2. Связанные пакеты которые использовались только этой программной - чисятся командой sudo apt-get autoremove
3. Скачанные файлы пакетов в кеше - чистятся командой sudo apt-get clean
Запомнить не сложно и никаких спец-твик-утилит - не нужно.