wwe2012,
Ты ставишь все поверх.
Да, в начале для раздела "/" будет Ubuntu 13.04 - все верно. Ты его выбираешь, указываешь точку монтирования "/" и указываешь форматировать.
Затем выбираешь раздел, где у тебя находится /home - указываешь точку монтирования /home - но без форматирования.
Со swap ничего не делашь. Если ставишь 32 бит - то все нормально.
больше ничего делать не надо.