Сначала объясните, что значит "на флехе стоит формат-msdos".
Чтобы записать iso-файл на флешку, её совершенно не требуется форматировать.
Если её всё же удаётся отформатировать, значит, какие-то программы её всё же видят.
iso-файл записывается на флешку командой dd, man dd.
Если это не получается, то вставьте её и покажите вывод команды "fdisk -l".