У кого еще gparted глючит ?
Это не гпартед глючит. Это глючит чья-то голова.
Место занимают не только файлы-каталоги. Место занимает и служебная информация.
Создай пустой раздел. На нем уже будет сколько-то занято. А сколько, зависит от разных причин.
От размера раздела, от файловой системы, от количества изменений на разделе и т.п.